一、案情总结。

发包人A公司与承包人B公司于2003年1月17日签订《S市建设工程施工合同》，约定（与评价密切相关）以下内容：项目为A、B、C、D住宅楼、E裙楼，合同价格18910万元。承包人每月25日向现场工程师提交当月完成的工程量报告。现场工程师应在收到报告后7天内根据设计图纸核实完成的工程量，并在24小时内通知承包人。承包人应为计量提供方便的条件，并派人参加。承包人收到通知后不参与计量，计量结果有效，作为支付工程款的依据。在确认测量结果后14天内，发包人应向承包人支付工程进度款。发包人按约定时间扣除的预付款应与工程款（进度款）同时结算。发包人不按合同约定支付工程款（进度款），双方未达成延期付款协议的，承包人不能达成延期付款协议。工程竣工验收合格后21日内，承包人应当向发包人提交竣工结算报告和完整的结算材料，双方应当按照协议约定的合同价格和施工合同条款约定的合同价格调整内容进行工程竣工结算。发包人应当在收到承包人提交的竣工结算报告和结算材料后28日内核实，并提出确认或者修改意见。双方达成协议后，发包人发包人应通知经办银行向承包人支付工程竣工结算款。发包人在收到竣工结算报告和结算材料后63天内无正当理由不支付工程竣工结算价格的，从第64天起向承包人支付银行同期贷款利率拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。承包人应在收到竣工结算价款后14天内将竣工工程交付给发包人。

2003年3月17日，发包人A公司与承包人B公司签订了《工程承包补充协议》，约定（与评审密切相关）以下内容：主体工程封顶后，合格部分工程进度款在15天内支付，进度款按主体工程款累计30%作为第一次支付，每月支付10%，主体工程款在85%时停止支付。工程封顶进入装修阶段，进度款按当月完成工程量的70%计算，次月第15天支付。工程竣工验收后，达到合格标准后，工程款支付90%，工程质量保证金留3%，其余款项一次性支付。

2003年6月6日，涉案项目开工，A、B、C、D栋主楼于2005年5月26日通过验收。然而，自2004年1月2日起，E栋裙楼停工以来，原因是双方各执一词。B公司认为，《工程承包补充协议》规定，E栋裙楼施工至28米，2028米为一层，未经双方协商一致，任何一方不得擅自变更合同协议。否则，应承担违约责任。但A公司单方面违反合同约定，擅自在24米处分包增加钢结构层。此外，E栋裙楼24米处结构层增加后，B公司多次要求A公司提供施工图纸，但A公司尚未提供设计单位确认的合法变更设计图纸，B公司不能继续施工。A公司辩称，E栋裙楼自开工以来一直处于不间断的交叉作业状态，而不是自2004年1月2日起的重大停工令。B公司擅自停止工作，其行为构成违约，应承担违约责任。到目前为止，E栋裙楼还没有完成的责任完全在于B公司。

2005年6月8日，B公司向A公司提交了《工程结算书》等资料。2003年9月17日至2005年5月24日，A公司向B公司支付10840万元。

B公司向A法院提起诉讼，认为主体工程已于2004年5月封顶。2004年3月2日，B公司分别向A公司和监理公司提交了工程预算，承包面积139298.05平方米，工程造价154843606.67元。到目前为止，还没有得到A公司的异议。因此，从2004年3月10日起，B公司报告的主体工程款应视为确认，可作为A公司支付工程款的依据。从2003年6月至2005年4月25日，累计建设工程价格为192897964元，扣除已支付11230万元。

A公司的辩护如下：（1）B公司未按合同约定完成合同范围内的所有工程内容，即E楼尚未封顶，装修部分尚未开工，整体工程尚未完成，不能进行整体工程验收，也不能进行整体工程结算。（2）B公司表示，所涉及的项目已完成验收，单方面确定实际完成项目成本为192897964元，认定A公司拖欠项目进度款，结算项目余款无依据。（3）争取合同约定，整体工程竣工验收后，整体工程结算，项目结算后，支付项目余款。E楼尚未完工，不能进行整体工程验收，不能进行整体工程结算，定项目余款。

此外，关于E还向S市中级人民法院提起了另一起中级人民法院另行起诉，尚未结案。

二、判决要旨。

关于主体工程封顶后，合格部分工程进度款在15日内支付，进度款按主体工程款累计30%作为应按主体工程款累计30%作为，主体工程款在支付85%时停止支付。工程封顶进入装修阶段，进度款按当月完成工程量的70%计算，次月第15日支付。工程竣工验收后，达到合格标准后，工程款支付90%，工程结算款后留下3%作为工程质量保证金，其余款项一次性支付协议(第6条)，说明争议合同的履行顺序是B公司先将全额垫资施工至封顶，A公司再按合同约定的比例支付工程进度款和工程款。A公司以乙公司履行义务不符合协议为由拒绝支付工程款，是行使第一次履行抗辩权的行为。如果建立了抗辩权，其法律效力是甲公司有权拒绝支付全部或部分工程款。因此，辩护权的行使是甲公司在本案诉讼中提出的攻击和防御方法，应在本案中进行审判和判决。

至于E楼裙楼关闭的原因，关闭是否构成违约，如何承担违约责任的另一起诉讼，独立于A公司主张的第一次抗辩权，本案的诉讼形成在第一位。因此，A公司主张的第一次抗辩权应在本案中审理。

E楼裙楼停工的原因是A公司想要改变建筑的使用和设计，并下令停工，但未按照合同和建筑法律、法规的要求提供变更后的设计图纸，导致B公司无法继续建设，并停工至今。因此，A公司无法建立拒绝支付的抗辩权，因为B公司没有完成E楼裙楼建设的合同义务。A公司应向B公司支付相应的工程款。