实践中，林权质押贷款的效果明显，既有利于林农增加收入，又能提高林业生产效率，推动林业经济快速发展，同时也给金融行业信贷业务带来新的机遇。然而，该制度在实施过程中仍面临一些法律难题。

1.没有给予"林权"应有的法律地位。虽然「林权」一词得到广泛运用，但「林权」究竟指什麽？什么权利属于“林权”？立法尚未对其做出明确定义，相关法律规范中的冲突也很容易在解释和适用上引起争议。我国物权法一方面没有规定“林地使用权”或“林地用益物权”这一概念，而将相关内容纳入“土地承包经营权”。同时，土地承包经营权的客体也限于农村集体土地。考虑到我国国有林地一般由国有林场进行管理，这种土地承包经营权显然不能覆盖国有林地使用权。而《物权法》在《用益权》一章中规定，海域使用权、探矿权、采矿权、取水权及使用水域、滩涂从事养殖、捕鱼等准物权，也没有赋予林地使用权以占有地位。显然，“林权”概念的不统一和地位的缺失，使得林权质押贷款的基本立足点存在缺陷，从而很可能影响到制度有效性。

2.限额采伐制度不完善影响了质押权人的合理预期。目前，我国的限额采伐制度是在严格的行政体制下建立的，以省为单位下达采伐指标的采伐许可证，由于指标的分配不够细化和量化，在实际操作中往往达不到要求。另外，如果在发放采伐许可证时，没有对采伐许可证进行监督约束，其结果就很容易因为权力和人情的因素而变得不公平。森林采伐权本来是林权人的私权利，但是为保护生态利益，法律对这一权利进行了一定的限制。但由于质押人所享有的权利不完全，使质押权人在行使质权时，对质权的行使也必须受限额采伐制度的制约。当抵押物无法取得采伐许可证时，其质押权人的优先受偿权很可能化为乌有。

3.林权质押贷款的管理滞后，登记制度存在漏洞。因为没有出台专门的林权质押贷款管理办法和实施细则，导致金融业在实际操作中只能照搬和参照其他类似的贷款做法。然而，这些目标不明确、方法相对滞后，导致贷款业务不规范。加之贷款人开展了贷款调查，在贷后管理上缺乏相应的林业知识，经常导致贷款逾期，影响了林权质押贷款业务的推广。在这些问题中，最大的问题就是登记制度缺陷。另一方面，由于部分地区林政服务中心、网络尚未建立，工作流程不明确，登记工作中重复劳动增多；同时，现有的登记程序也不能顺利实现风险控制。由于仅要求登记部门在林权证上注明登记事项，而不要求林权人将其权利凭证转移给登记机关保管，尽管已"注记"了林权证，但不能办理林业行政机关采伐许可证，但是质押权人以林权证为其享有林权的合法凭证，很难避免抵押权人将其林地、林木以出租、出卖。当质权人以以非采伐方式取得林权价值时，以入股等方式进行相应的处分，抵押权人将难以再从质押人手中收回利益，从而使质押权人再次承担不利的后果。

4.缺乏有效的森林风险分担法律制度。森林作为质押物多位于偏远山区，对其进行有效控制比较困难，盗伐林木时有发生。而且在许多情况下，灭林权是由于森林火灾、病虫害等自然原因造成的，除办理有关保险外，林权人往往得不到任何补偿。所以，是否办理林业保险，将对质押权人决定是否借贷产生重大影响。然而，我国林业保险业务尚处于起步阶段，体制不健全，险种较少，再加上很多保险公司不愿涉足看似无利润的林业，使得林权质押贷款缺乏一道强有力的风险保障，成为制约其推广的因素之一。与此同时，经济基础决定上层建筑，林业保险业务的不成熟在一定程度上导致了林业风险分担法律制度的缺失，削弱了法律对这一领域的引导和调控作用。