东京帝国大学与中国公学的共同点，就是日本近代化教育制度在中国的形成。

作为近代中国最早的私塾之一，也是留日学生创办的中国公学，自然不可避免地与当时东京帝国大学这一日本近代教育的代表机构有一定的联系。

第一，就是学校的组织结构，1886年日本文部省颁布了《帝国大学法令》，东京帝国大学对此进行了改革，并成立了咨询委员会，分成咨询委员会和部长级咨询会议，其主要任务是讨论与教育有关的问题，并向"总理[8]"和科学院长提出建议，在运作大学时没有实质性的权力。配合谘询会议，从各院中选出十位教授，再由议席议席，再由议席议席，再由议席议席，议席不仅包括校内议席，也包括校内议席，教师的有关人事工作，也包括与大学有关的规章制度及财务问题[9]。并且，中国公学在建立之前，对学校的组织机构进行了研究，决定不设校长，内部事务由评议会和执行两部负责，职员则由学生选举选出。执掌部下三司，教务三科，掌管具体事务[10]。因此，在学校组织上，中国公学借鉴了日本东京帝国大学的经验，公学均为两所学校的实力中心，进行评议，但中国公学的缺陷是，对具体事务的规定不明晰，三司的职权范围不明确，执行与评议的关系也不清楚，这也是后来学潮出现的原因之一。

第二，在学科建设上，东京帝国大学自成立以来，就着手建立分科大学制度，《帝国大学章程》规定：“帝国大学由大学院和分科大学组成，大学院是一门专门研究学术技术的理论与应用，大学院是一门专门研究学术技术的理论与方法。[12]帝国大学建立之初，主要开设四门学科，即法、理、文、医。自创办之初，中国公学因生源水平不够统一，教授人数很有限，只能作为临时“预科学校”来计算，此时的学科设置为师范、理化、英文、算学各专修科，以应时需要。后来学校发展，学科组织也逐渐完善，分为文学院、商学院、法律系、理工四院，共有十七系[13]。这表明，在学科设置方面，中国公学与东京帝国大学具有共通性，并在自身的基础上有所发展。然而，中国公学由于长期存在的财政问题，导致学科设置实际上并没有达到想像中的完美程度，甚至后来又有几个学科被合并、取消等等。

随后，东京帝国大学法令出台后，东京帝国大学法令进行了改革，将校长改为校长，设立教授、副教授、助教、书记员组成[14]。传教士制度的推行减少了教授的流动，有利于学术研究的发展。由于面临经费短缺、效率低下等问题，中国公学于1907年聘请郑孝胥担任校监，此后，中国公学的确得到了银行的资助，但行政监督的设置对行政效率产生了影响，监督与三官之间的责任从属关系不明晰，这也间接造成行政混乱和“潮起”。另外，在学校教育正处于瓶颈时期，当时的校长舒新城引进了西方的“道尔顿主义”[15]，希望这种自由的学风能够促进中国公学的发展。但是，由于当时学校内部充满了革命的气息，放任制度却没有发挥应有的作用。