教育管理理论以科学主义为导向。由于效率意识，教育管理者更容易与社会各界沟通，促进教育管理的科学化和理论化，促进教育管理的专业化、理性化、协调合作、一致性和激励作用，为教育管理的理论和实践发展奠定基础。然而，这种理论导向在实践中的缺陷也相当明显。首先，它把人当作机器人，经济人，只能服从，忽视教育是教师创造性劳动的特殊需要，只把教师作为执行命令的工具，无意调动教师的主动性和热情，使人失去人性，使教师和学生屈服于机械程序和一些领导人的专门独裁行为；其次，缺乏对组织环境复杂性和动态性的理解，不注意处理组织中的人的问题，组织结构的基调是独裁的，过分强调组织形式、成文法律、规章制度，缺乏对人格的尊重和对人的灵活性的重视，其等级化、制度化的管理往往使组织僵化，制约事物的发展。第三，在强调教育管理与企业管理的共性时，忽视了教育过程与生产过程、教师劳动与工人劳动、教育投资与生产投资、教育成果与工业产品的区别。虽然以科学主义为导向的管理理念首次采用定量方法解决管理问题，弥补了过去纯定性分析的不足，但实际上很难用定量方法对师生的情况进行分析和评价，其研究方法具有明显的形而上学色彩。

随着时间的发展，以科学主义为导向的管理理念对教育实践的危害越来越明显：一是加快教育社会的形成，形成两个无休止的教育阶梯群体，教师为更高的工资、更高的职位和头衔，学生为更好的学校、更高的教育和学位而努力工作，使教育偏离教育本身的价值，教师和学生经常为许多虚假的目标而奋斗。其次，在教育内部，扭转了人与教育的关系，压抑了人性，破坏了儿童，培养了人们成为科技和官僚管理体系的工具，教育严重脱离了生活。第三，学校从传道、教学、解决混乱的地方成为“筛选”等级机构和颁发学位证书的地方。此外，由于学校教育转向考试中心主义，毕业证书成为选择职业的通行证，其贬值速度越来越快。激烈的入学竞争导致了普遍的疲劳，严重影响了学生个性的自由发展。

因此，以科学主义为导向的教育管理理论受到了人文主义和伦理主义两个方面的批评。他们抓住科学主义的关键点，猛烈开火，批评他们忽视人性、人性、教育本质、教育与生活的联系，但各自的管理思想也截然不同。