随着教育体制改革的深化和政府管理权力的下放，高校成为自我约束和自我发展的独立法人。形成了高校依法多渠道筹集资金的格局，高校财务管理比以前有了很大的自由。然而，高校的许多财务管理理念和手段都是在计划经济体制下形成的，这显然不能满足当前财政改革和高校财务工作的要求。目前，高校财务管理存在一些突出问题，如收支不实、截留收入、挪用专项资金、设立账外账、长期不清理债权债务等。

高校财务管理存在问题及原因：

1、高校财务管理缺乏系统的控制监督机制

目前，我国高校制度的突出缺陷是“所有者缺失”。高等教育投资者主要是国家，国家是高校净资产的终极所有者，但国家不要求偿还提供的资产，也不要求分享经济利益，而是将资产交给高校自行经营管理。对于高校，国家投资，但不进行财务管理，导致投资所有者缺失；高校管理者独立行使法人权力，但不承担具体的委托责任，导致资源缺乏有效的管理和监督。高校会计不进行成本核算，不计算损益，财务管理灵活，大大削弱了高校财务管理的功能。

2、预算编制不完善，预算执行灵活

一些高校没有建立科学的预算管理理念，表现为：重预算编制，轻预算执行，预算往往失控；在实际工作中，各部门预算和高校内部预算、预算编制和实施预算；注意预算内资金和轻预算外管理，预算项目不尽可能详细，预算支出没有科学的配额和标准；预算编制时间太短，预算编制过程透明度不高，导致部门预算不准确，预算内容不全面，有时部门预算没有客观反映学校财务收支的全貌，反映学校工作的重点和发展方向；在资金使用方面，部分学校领导不按预算安排使用资金，而是随意开放、批准，导致预算变化频繁，预算执行不强；高校缺乏“债务预算”的管理规定，导致高校预算与会计核算决算存在较大差异，使高校借贷问题难以处理，预算编制基础面临挑战。

3、高校财务管理缺乏风险意识

由于学校没有建立有效的教育成本分担机制，学校有限的教育经费难以满足提高教学质量和教职工生活福利的需要。各部门吃大锅饭的现象非常严重，使得已经非常稀缺的资金不得不超负荷承担学校的开支，使得学校难以承受经费负担。为了做好基础设施建设，学校很难通过各种渠道筹集建设资金，利用银行贷款改善办学条件，解决了职业发展过程中的实际困难。然而，一些高校对贷款了解不够，认为“学校是国家的，银行是国家的，银行的钱不应该白白”。盲目贷款征地和项目规模大大超出了经济承受能力，潜伏了高校发展的隐患。

4、财务管理理念薄弱，许多员工漠不关心，只有财务人员独自战斗。由于长期的概念，许多员工没有意识到学校的财务状况与自己密切相关，而是认为财务只是财务部门的问题，与他人无关，导致财务工作无法得到有效的理解和实施。作为大学财务的一员，作者多次感到这样的误解：当作者要求各部门收取学生欠款时，经常听到私下讨论：“这是为了他们的财务，不管！”；涉及日常资金支出时，部分工作人员随意支出，财务要求严格时，往往向领导投诉，使财务难以进行有效的会计和控制。

5、科研经费管理不够规范。高校科研经费来源广泛，项目众多。特别是随着横向科研收入的大幅增加，高校科研经费的管理出现了各种问题。很多老师错误地认为科研经费是自己争取的，想用什么就用什么，不遵守学校的财务制度和规定；由于鼓励教师争取更多的科研经费，学校忽视了科研经费的管理，导致科研资金和资产严重流失。一些科研人员尽最大努力将科研经费转化为私人财产，将个人和家庭生活费用列为科研费用，或以与实际不符的票据报销套现；一些科研人员在校外承接项目，资金不进入学校，逃避管理费，避免学校对资金的管理，而是利用学校的实验室、实验设备、实验试剂等进行实验，学校得不到相应的补偿，科研经费的使用没有发挥应有的作用。